夫妻共同申请公积金贷款，其中一人为主贷人，另一人为次贷人。系统会优先从主贷人的银行卡中扣除房贷月供，当主贷人银行卡余额不足以还月供时，系统才会从次贷人的银行卡中继续扣除月供。因此，在发起扣款时，并不会从两个人的银行卡中同时扣款。

大部分时候，主贷人的银行卡余额就足够偿还当月月供了，极少会需要从次贷人的银行卡中进行扣款。