公积金扣款日余额不足，用户可以继续将剩余待还金额存入还款银行卡中，在扣款日当天，银行系统会再次发起扣款，只要在还款日当天扣满还款金额就足够了。当然，对于用户来说，在还款日之前就存好待还款金额，然后系统一次性扣完，这样逾期的风险就大大降低了。

因此，用户只要注意提前存好待还款金额就够了，到了还款日当天，系统是会按时扣款的。