夫妻共同偿还公积金贷款时，其中一个人的账户为主扣款账户。系统会优先从主扣款账户进行扣款，当扣款的金额不足以偿还本息时，就会从另一个人的账户发起扣款，一直都扣满为止。而当夫妻双方公积金账户内的金额都不足以扣款时，系统会按照顺序从还款储蓄账户中扣款。

因此，虽然说是夫妻两人共同还款，但是大部分时候只要主账户还清了欠款，系统是不会再从另一个账户发起扣款的。