1、规定时间不同：电子商业承兑汇票由企业开具，到期由企业无条件见票付款。电子银行承兑汇票由企业申请，银行开具，到期由银行无条件付款,在实际操作过程中，银行会要求企业存一定金额的定期存款,在额度内由银行出具电子银行承兑汇票，并且在规定时间内此存款不允许提出。

2、信誉不同：一般来说电子银行承兑汇票比电子商业承兑汇票更加有信誉度。银行承兑汇票的承兑人是银行，银行做担保，承兑到期后，不论出票人是否有钱，出票银行都会把这个钱转入到收款人的账户里，风险比较低。