你好，这个问题不大，我以前买过一个商铺，原来房东也是拿商铺抵押贷款了的，房产证还押在银行，贷了三十多万。
我们当时是这样操作的，在中介的担保下，我先付了三十多万给房东，然后他拿去还清贷款，把房产证拿出来，然后我们到房管局过户（因为我也是要按揭购买），过完户以后，再拿着过户好的不动产证到银行进行按揭，过了一个月，按揭贷款下来了。银行把剩余的房款打给了房东。购买完成。
因为这是当时房东没钱还贷款才这样操作的，如果房东有钱，可以先让他用自己的钱还清贷款，拿出不动产证（房产证），然后再交易。
二手房交易必须产权证在手，房东没有结清贷款，必须想办法结清拿到产权证才能过户！房东如果没钱，可以找第三方垫资还清再过户收款，没有中介公司或担保公司操作的话不建议私下替房东还清贷款