用户的贷款逾期了，只归还本金，逾期记录并不会消除。贷款逾期后，需要归还的金额包括贷款本金、贷款利息以及贷款罚息、违约金等费用，必须还清了逾期的所有欠款，逾期记录在保留5年以后才会从征信中自动删除。而没有还清逾期的欠款，逾期记录会一直保留在征信中。

用户可以向贷款机构申请协商还款，这样有一定的概率可以减免贷款利息、逾期罚息等费用，协商成功了，贷款机构同意用户只归还本金，那么还清贷款本金后，贷款机构会将已还清的信息上传到征信，这样逾期记录在5年以后会删除。而贷款机构拒绝用户的协商请求，则必须还清所有的欠款才可以删除逾期记录。

除非特殊情况，一般贷款机构是不愿意减免利息与罚息的，因为一旦减免就意味着这部分损失由贷款机构来承担。