首套房公积金贷款没还完，用户再买二套房申请房贷，这时候无法申请公积金贷款，但是商业贷款可以正常申请。二套房申请商业贷款，购房的成本会增加，因为二套房LPR利率的加点会上浮得比较多，用户需要支付更多的贷款利息来获得贷款。

至于三套房，用户无法申请公积金贷款，只能申请商业贷款，因此前二套房申请公积金贷款，还是可以获得一些优惠的。