一般情况下在缴纳公积金的时候，个人缴费金额每月都会直接进入公积金的账户余额。在申请了公积金贷款之后，还款金额是直接从公积金账户余额里面进行抵扣的，当公积金账户余额不足以抵扣贷款金额时，剩余金额部分就需要用户将资金转入房贷还款银行卡，系统会自动进行扣款的。