用于还款的银行卡有交易限额并不影响车贷扣款。因为通常贷款发放和归还都不在银行卡限额之内。况且车贷是直接和银行签订的扣款协议，自然和卡片消费转账限额没什么关系。

因此，只要客户绑定的用于还款的银行卡里资金充足，且卡片状态正常，那银行就会在还款日按时从卡里划扣当月应还金额，不受额度限制。当然，若卡片状态有异，或者余额不足的话，那就会导致银行扣款失败，车贷还款逾期。