首套房和二套房用公积金贷款的区别在于贷款利率不同。首套房用公积金贷款，全国的利率都一样，执行公积金贷款基准利率。而二套房用公积金贷款，贷款利率为基准利率的1.1倍。因此，首套房申请公积金贷款是非常划算的。

当然，公积金贷款利率始终低于商业贷款利率，能用公积金申请房贷，尽量用公积金申请。公积金贷款唯一的缺点就是，贷款额度是有上限的。