房贷扣款余额不足补上后，一般系统在还款日当天会发起第二次扣款。因为只扣款一次，会使用户的逾期风险增加。而大部分房贷银行在扣款日当天，只要第一次扣款失败，后续都会再发起扣款，这样不仅可以确保在还款日当天扣除成功，也可以降低用户的逾期风险。

因此，建议在还款日之前就将待还款金额存入卡中，这样系统第一次发起扣款就可以成功。