支付宝借呗欠款三万逾期一年多，系统不会从用户的老公卡上扣款。借呗逾期后，系统会一直发起自动扣款，但是这个自动扣款是从用户自己的支付宝账户中发起扣款。系统可以从用户的支付宝账户中发起自动扣款，主要是因为签订了代扣协议，还清借呗的欠款，协议就会自动解除。

因此，请用户尽快还清借呗逾期的欠款，否则系统会一直发起自动扣款。