1、性质不同。农村信用社小额信贷应该是一项商业性业务，一项金融活动，需要靠制度性的商业化运作才能持续下去；扶贫式小额信贷往往和政治相联系，是政治派别的表态，通常表现为社会活动性质和教科文卫体、精神文明建设等社会发展方面的活动内容相关联，其持续性是非金融的。

2、信贷资金来源不同。农村信用社信贷资金的来源主要是靠吸收存款，付出了较高的成本费用，所以需要通过提供各种服务来弥补成本并获取收益，已达到自我生存和自我发展的目的，才能形成资金的良性循环；扶贫式小额信贷的资金来源是无成本或低成本的国际机构捐助或政府资助，由于其扶贫性质，靠自我服务方式难以达到经营持续性，因而政府贴补往往少不了。

3、信贷资金用途不同。农村信用社小额信贷资金主要运用于“三农”，所涉范围较宽，并不特别针对某些群体，信贷资金可做生产性用途，也可做消费性用途，更符合金融机构提供各种服务的特点；扶贫式小额信贷的信贷资金则主要运用与贫困或特困户，而且主要是满足生产性需要，而不是消费方面，他的目的是扶助贫困户自我发展。

4、经营机构不同。农村信用社小额信贷由正规的金融机构农村信用社经营，严格按照金融机构的业务运作方式来进行；扶贫式小额信贷由政府专门委托或设立机构经营，书费正规金融机构，既不是去的金融业务经营许可证的正规金融机构，他难以实现金融持续性，需要得到政府补贴。